Yannick Agnel inizia a nuotare all’età di 8 anni presso il Club Nautic Nimois. Si fa notare nel 2009 durante i Campionati Francesi. A quell’epoca, la muta era l’argomento principe al centro delle discussioni nel mondo del nuoto. Tutti gli altri nuotatori la indossano eccetto Yannick, che decide di nuotare con un semplice costume. Nel 2010 diventa campione europeo nei 400 m stile libero. Diventa anche campione francese nei 200 e 400 m stile libero nel 2011 e campione francese nei 100 e 200 m stile libero nel 2012, dove ottiene le qualificazioni per le Olimpiadi.
Yannick è al culmine della sua ascesa internazionale durante le Olimpiadi di Londra, dove diventa campione olimpico nei 200 m stile libero e nella staffetta 4 x 100 m stile libero e vince anche una medaglia d’argento durante la gara dei 4 x 200 m stile libero. Conferma la sua leadership nel 2013 ai Campionati Mondiali di Barcellona vincendo il titolo di campione mondiale nei 200 m stile libero e nei 4 x 100 m stile libero. Oltre a questi titoli però si pone un’altra sfida: si trasferisce negli USA, a Baltimora, per lavorare con il coach di Michael Phelps, Bob Bowman. Tornato in Francia nel 2014 al Club Olympique di Mulhouse, decide di lavorare con il coach Lionel Horter.